ארבעת ספריו שחיבר ברומא בשפה היוונית השתמרו לדורות בשלמותם, אירוע נדיר למדי בקרב סופרי העת העתיקה שרוב חיבוריהם
אבדו. זאת עקב הערך המוסף שהיה לחיבוריו "מלחמת היהודים" ו"קדמוניות היהודים" לתאולוגיה הנוצרית, דבר שהשפיע גם על השתמרות שאר חיבוריו עד לימינו.