ההבדלים המשמעותיים בין יחידות cgs ליחידות MKS הן היחידות האלקטרומגנטיות. בעוד היחידות המכניות נבדלות זו מזו רק בחזקות של 10, היחידות האלקטרומגנטיות מוגדרות באופן שונה בתכלית. במערכת MKS הגודל הבסיסי הוא ה
אמפר, שהוגדר לפי הכוח הפועל על שני תיילים ובהם זרם. ביחידות cgs הוגדרה יחידת המטען esu כך שבחוק קולון הקבוע K יהיה שווה ל-1. במערכת היחידות cgs לשדה החשמלי ולשדה המגנטי אותם ממדים (כוח ליחידת מטען), בעוד שבמערכת היחידות mks לשדה החשמלי והמגנטי ממדים שונים.