הימה נעדרת ניקוז; היא נוצרה כאשר מוצאה נחסם בשלב כלשהו בתקופת ה
פליסטוקן על ידי לבה שזרמה מהר נמרוט לעבר מישור מוש שממערב לה. ימת ואן חשופה לשינויים קיצוניים במפלס מימיה. בסמוך לעיר טאטואן (Tatvan) על חופה המערבי של הימה, נצפה בשנת 1901 קו חוף גבוה באופן משמעותי ממפלסה של הימה באותה עת. מאידך, במשך שנות התשעים של המאה ה-20 עלה מפלס מימי הימה בשלושה מטרים לפחות, תוך שהוא גורם להצפת שטח חקלאי ניכר. לאחר תקופה של יציבות במפלס שבו מימי הימה ונסוגו, ונראה כי לאחרונה חודשה מגמת העלייה.