כרומוזום X

בניגוד לזוגות הכרומוזומים האחרים כרומוזומי המין עוברים שחלוף רק בנקבה. הכרומוזומים X ו-Y אינם עוברים  שיחלוף ביניהם משום שכרומוזום ה-Y קצר באופן משמעותי מכרומוזום ה-X ואינו מכיל את מרבית הגנים שעל כרומוזום ה-X. במערכת X0 לכרומוזום ה-X אין בזכר בן זוג שאתו הוא יכול לעבור שחלוף. מעבר לזאת, אצל חלק מהחרקים שיש להם אחת משתי מערכות כרומוזומי מין אלה, המערכת מאלצת את ביטול כלל ההליך השחלוף בעת יצירת תאי הזרע בזכר והיא מתרחשת רק בעת יצירת תאי הביצית בנקבה.

ההבדלים בין זכרים לנקבות ביצורים בעלי מערכות מין XY נגרם על ידי ביטוי בזכרים (XY) של גנים המצויים בכרומוזום Y, או על ידי ביטוי כפול של גנים המצויים על כרומוזום X בנקבות (XX). ואולם, מרבית הגנים בכרומוזום X אינם אמורים להתבטא כפליים בנקבה ולצורך זה קיים מנגנון ההשתקה של כרומוזום X אשר משתק בכל תא באקראי את הביטוי הגנטי של אחד מכרומוזומי ה-X. זהות כרומוזום ה-X המושתק נקבעת בשלב העוברי של האורגניזם. דוגמה הממחישה אזורי ביטוי שונים של כרומוזומי X שונים בגוף הנקבה היא צבע הפרווה בחתולות. אצל חתולים מקודד צבע הפרווה בכרומוזום X וחתולות בעלות שלושה צבעים הן חתולות שבמחוץ לכתמים הלבקניים שלהן חלק מהתאים מבטאים כרומוזום X בעל אלל לצבע חום וחלק כרומוזום X עם אלל לצבע שחור.