מבצע חשאי הוא שם כללי למגוון נרחב של סוגי מבצעים, המתבצעים תוך הסתרת עצם התרחשותם, זהות המבצע או שניהם גם יחד. בעוד שבעבר המונח "מבצע" התייחס בעיקר לפעילות סוכנים הנוכחים פיזית באזור הפעולה, אך עם התרחבות השימוש בתקשורת אלקטרונית מתפתחת קטגוריה של מבצעים קיברנטיים, בעלי מורכבות פחותה לא פחות מהמבצעים הקלאסיים.
לפי מילון מחלקת ההגנה האמריקאית למונחים צבאיים, מבצע חשאי (Covert operation) הוא:
אם כי מקובל לכנות בשם מבצעים חשאיים גם מבצעים של רשויות אכיפה פנימיות במדינה, כדוגמת
המשטרה, הרשות למלחמה בסמים, הרשות למניעת הלבנת הון, רשות המסים וכו'.