בין היתר שופכות המגילות אור על חייהם של אנשי "כת היחד" או "כת מדבר יהודה", אחת ה
כתות היהודיות בתקופת בית שני. רוב החוקרים מצביעים עליהם כאיסיים המוזכרים בכתבי יוסף בן מתתיהו, אך חלקם נוטים לזהות בהם את הכוהנים בני צדוק (ראו בהמשך על הפולמוס בין החוקרים באשר לזהות כותבי המגילות).