השטחים המהווים היום את מונגוליה הפנימית החליפו ידיים פעמים רבות בין חקלאים סינים מהדרום ובין נוודים בני שבטים שונים מן הצפון. בתקופת
שושלת צ'ינג (1644-1911) המנצ'ורית היה מזרחה של מונגוליה הפנימית חלק ממנצ'וריה. החל בסוף המאה ה-19 החל הממשל לעודד חקלאים סינים ליישב בהמוניהם את מונגוליה. עם נפילת הקיסרות הסינית ב־1911, יצאה מונגוליה החיצונה, ביוזמתה של רוסיה, מתחת ידיה של סין, בעוד שמונגוליה הפנימית חולקה על ידי הרפובליקה הסינית בין מחוזות שונים.