מחסום הפרדה, מכשול הפרדה, חומת הפרדה, או גדר הפרדה הוא מבנה הנדסי ומערכת ביצורים הנבנים כדי למנוע תנועת בני אדם מעבר לקו מסוים, או כדי להפריד בין שתי אוכלוסיות. מבנים שכאלו נבנים בהתאם לגבולות פוליטיים, גבולות בינלאומיים וטופוגרפיה. אולי הדוגמה המוכרת ביותר בהיסטוריה היא החומה הסינית - סדרה של מחסומים, חומות ומערכת מבצרים שמטרתם הייתה לחצוץ בין האימפריה של סין לבין מונגוליה ומנצ'וריה; דוגמה בולטת בעת האחרונה היא חומת ברלין שהפרידה בין מערב ומזרח ברלין, המאוחדת כיום.