מינסטר היא עיר אוניברסיטאית מובהקת; כמעט חמישית מאוכלוסייתה - 50,000 איש - הם סטודנטים.
אוניברסיטת מינסטר, עם כ-42,000 סטודנטים בשנת 2006, היא השלישית בגודלה בגרמניה (אחרי האוניברסיטאות של קלן ומינכן), ו-13,000 עובדיה (מתוכם: 600 מרצים ו-7,000 רופאי ועובדי בית החולים של האוניברסיטה) הופכים אותה למעסיק הגדול ביותר בעיר. האוניברסיטה קרויה אוניברסיטת וילהלם בווסטפאליה, על שם הקייזר וילהלם השני, והיא פרושה על פני 285 בניינים ברחבי העיר.