יחד עם זאת, בחלוף השנים חל פיחות בעוצמתה של מלכות המשנה. בתקופת איחוד הכתרים של
ספרד ופורטוגל, בין השנים 1580 ו-1640, איבד חוזה טורדסיאס, אשר חילק את תחומי ההשפעה בין שתי המעצמות, מחשיבותו, והפורטוגלים התפשטו מערבה, על חשבון מלכות המשנה של פרו. מאוחר יותר, כחלק מהרפורמות המנהלתיות באימפריה במסגרת הרפורמות הבורבוניות הוקמו מלכות המשנה של ריו דה לה פלטה (1776) ומלכות המשנה של גרנדה החדשה (1717, הוקמה מחדש ב-1739) אשר נקרעו משטח מלכות המשנה של פרו. הקמת מלכויות משנה חדשות אלו צמצמה את מלכות המשנה של פרו, פחות או יותר, לשטחה של מדינת פרו המודרנית, וערערה את משקלה הרב של לימה באימפריה. דעיכת המכרות וייצור הטקסטיל האיצו מגמה זו. לבסוף, בשנת 1798 הוסדר באופן מוחלט מעמדה של הקפיטניה חנרל של צ'ילה ככזו העצמאית לחלוטין ממלכות המשנה של פרו.