המעבר נוהל על ידי כוחות ביטחון
פלסטיניים ומצרים, בפיקוח כוח אירופי המכונה "משלחת הסיוע למעבר הגבול ברפיח" (European Union Border Assistance Mission Rafah או EUBAM). מצלמות וידאו שהותקנו במקום אפשרו בקרה ישראלית מרוחקת על המעבר מאתר הבקרה שבכרם שלום, בשטח ישראל. המעבר שימש כשער הכניסה והיציאה היחיד ברצועת עזה שנוהל באחריות פלסטינית. המעבר פעל במתכונת זו עד 25 ביוני 2006 ומאז נסגר בהוראת ישראל בשל סיבות ביטחוניות במשך 86% מהימים. המעבר לא נפתח ליצוא. ביוני 2007 ולאחר השתלטות חמאס על רצועת עזה, נסגר המעבר לחלוטין, וכוחות האו"ם עזבו את המקום. ב-23 בינואר 2008 הרסו פעילי חמאס את גדר ההפרדה בין רצועת עזה לסיני, וחיסלו בכך את יעילותו של מעבר רפיח כתחנת ביקורת גבולות.