מפעם לפעם עולות הצעות לארגון חדש במערכת הביטחון, לשם מילוי פונקציה שחסרה במערכת זו, כפיצול של יחידה ארגונית קיימת והפיכתה ליחידה עצמאית, או לשם שינוי יחסי הכוחות בין המרכיבים השונים של מערכת הביטחון. בחודש מרץ 2004, למשל, הציעה
הוועדה לחקירת מערך המודיעין בעקבות המלחמה בעיראק להפוך את אחת מיחידות המודיעין של הצבא, יחידה 8200, לגוף אזרחי נפרד מהצבא (בדומה למקבילתה האמריקאית, ה-NSA).לכל אחד מהגורמים במערכת הביטחון סמכויות משלו, אך לעתים נדרשת הכרעה בשאלה מי הגורם שיתמודד עם איום ביטחוני מסוים. בין הגורמים השונים מתקיימים אינטראקציה ושיתוף פעולה, לשם מימושן של מטרות משותפות. בנוסף לכך מתקיים מעבר של לוחמים/עובדים בין הגורמים השונים, ובפרט מעבר מצה"ל אל כל יתר הגורמים. במיוחד בולט הדבר במוסד, שרבים מראשיו הם אלופים שהשתחררו מצה"ל.