עם היווסדה של מפא"י עמד בראשה
דוד בן-גוריון ולצידו ברל כצנלסון וחיים ארלוזורוב. מעמדו הדומיננטי של בן-גוריון במפלגה נמשך עד לשנות ה-60. פרשת לבון, אשר נחשפה בשנת 1960, הביאה למשבר ולפילוג שהביא עמו את פרישתו של בן-גוריון מן המפלגה שייסד. במהלך הפרשה הסתבר כי כוחה של המפלגה, והאהדה לה זכתה בציבור הבוחרים הישראלי (ויש אומרים, הקשרים הכלכליים, בהם הצליחה המפלגה לקשור אליה בוחרים רבים) היו חזקים מהאהדה שרחשו לבן-גוריון. חזרתם של פורשי רשימת בן-גוריון רפ"י מסמנת את סופה של מפא"י, והפיכתה למסגרת ארגונית חדשה - מפלגת העבודה הישראלית - אשר יש הרואים בה את ממשיכתה של מפא"י מבחינה ארגונית ואידאולוגית.