קרקעיתו של המפרץ רדודה, דבר הגורם לכך שהמדף היבשתי נמשך עמוק לתוכו, ומביא תכופות למזג אוויר סוער ולים גבה-גלי. הנהרות העיקריים הנשפכים אל המפרץ, בדרך כלל בצורת "ריה" (מספרדית ría, עמק נהר ששקע), הם ה
לואר, הגארון והדורדון בתחומי צרפת. בתחומי ספרד אין נהרות גדולים הנשפכים אל מפרץ ביסקאיה שכן רכס ההרים הקנטבריים מקביל לחופיו וקו פרשת המים שעובר לאורך פסגותיו מרוחק 50 ק"מ בלבד מהחוף. לכן הנהרות בשטח ספרד קצרים ובעלי עוצמת זרם משתנה.