בעבר, הדרך הנפוצה ביותר עבור נוסעים ומטען לחצות את המצר הייתה באמצעות
מעבורת, בשיט שארך כ־4 שעות. מנהרת סייקן מאפשרת חצייה של המצר בכחצי הזמן, אם כי זוהי חלופה יקרה יותר בהשוואה לשיט במעבורת. מנהרת סייקן מתוכננת להיות מורחבת גם למסילת הרכבת של שינקנסן, דבר שיקצר את זמן חציית המצר לכ־50 דקות.