משרד הבריאות הוא המחזיק והמפעיל של בתי החולים הגדולים במדינה, ותקציבו הוא התקציב השלישי בגודלו בממשלה (לאחר
משרד הביטחון ומשרד החינוך). למרות זאת, משרד הבריאות אינו נחשב כמשרד בעל עוצמה בתוך הממשלה, עקב ריבוי הבעיות וחוסר יכולת ממשית לעריכת שינויים משמעותיים וברי-מדידה בזמן קצר, בתחום הבריאות. תפקיד שר הבריאות אינו, בדרך כלל, תפקיד מבוקש, בין השאר בשל הקושי למנות בו מינויים פוליטיים. משרד הבריאות נותר אחד ממשרדי הממשלה היחידים שמנהלו הכללי הוא עד כה, תמיד, איש מקצוע מהתחום הרלוונטי למשרד - רפואה. בדרך כלל המנכ"ל מתמנה מבין מנהלי בתי החולים הממשלתיים, או קציני רפואה ראשיים לשעבר. גם תפקיד מנכ"ל משרד הבריאות הפך, בשנים האחרונות, להיות פחות אטרקטיבי, ונוצר קושי למצוא מועמדים מתאימים המעוניינים בתפקיד זה.