אולם, תחת מדיניות סאקוקו לא הייתה יפן מבודדת לחלוטין וכן היו לה קשרי מסחר עם מדינות ספורות. נקודת הממשק היחידה שהותרה עם אירופה הייתה עם
הולנד באי דג'ימה במרחב נגסאקי, שם הוקמה תחנת מסחר הולנדית. המסחר עם סין גם כן התקיים דרך נגסאקי, בעוד שהמסחר עם קוריאה הוגבל למרחב צושימה. המסחר עם בני איינו התקיים במרחב מצומאה בהוקאידו, והמסחר עם ממלכת ריוקיו התקיים במרחב סצומה. מלבד קשרים אלה באזורי הפריפריה, שלחו מדינות הסחר עם יפן גם ספינות בצורה סדירה לאדו, מושב השוגונות.