מטרתו העיקרית של הסיפון היא מבנית: הסיפון מהווה את המכסה למערכת המורכבת של הקורות והתומכות, היוצרות את גוף כלי השיט, ועליו לעמוד בלחצים השונים הפועלים על גוף האונייה. כדי להשיג חוזק זה יהיה הסיפון בנוי באותו חוזק ומאותם חומרים כמו הגוף; לעתים יהיה הסיפון מחוזק עוד יותר, אם הסיפון מתוכנן לנשיאת מטענים כבדים (כמו ב
אוניית מכולות). גם חלקים שונים בסיפון יהיו מחוזקים יותר, בעיקר במקומות שבהם נמצאים מתקנים כמו כננות, יתדות ומאחזים שונים, וזקפים. לסיפון ישנן מטרות נוספות: כיסוי מדורי האונייה מפני מזג האוויר וגלי הים, ולהוות משטח עבודה. הסיפון יכול להיות משֻׁוּוֵה (Flush Deck), כלומר סיפון הנמשך מחרטום כלי השיט עד לירכתיים, ללא מבנה כלשהו עליו. לעומת זאת, באוניות סוחר ומלחמה ב
ימי הביניים ובתחילת העת החדשה היו על הסיפון לעתים מבנים שונים, כמו צור חרטום (forecastle) וצור ירכתיים (Aftcastle). עם הופעתם של אוניות בעלות מנועים, נבנו על הסיפון מבנים שונים, עבור גשר הפיקוד, או מבנים למטרות אחרות, מלחמתיות ומסחריות.