ממשלת סין פינתה מהשטח שיועד למאגר המים אותו עוצר הסכר יותר ממיליון תושבים, ששכנו בכ-1,500 כפרים. בניית הסכר גרמה לנזקים
אקולוגיים נרחבים מאוד הן לסביבה הקרובה של הסכר והן לסביבות רחוקות התלויות ביאנגצה שרמת הזיהום בחלקים מסוימים בו, שהייתה גבוהה כבר קודם לכן, עלתה בעקבות הקמת הסכר. בין השאר, הקמת הסכר האיצה את הכחדתו של דולפין הנהרות הסיני שהיה שרוי בסכנת הכחדה כבר קודם לכן. הקמת הסכר לוותה במחאות מצד ארגונים לשמירת הסביבה, אך ללא הועיל. עם זאת, הקמת הסכר מנעה את זיהום האוויר והגברת אפקט החממה שהיו עלולים להיווצר מהפקת חשמל באמצעים אחרים המקובלים באזור, כדוגמת פחם.