פאונה (באנגלית: Fauna) היא אוכלוסייתבעלי חיים המצויה במקום מסוים בזמן מסוים. המונח המקביל לצמחים נקרא "פלורה". מקור המילה פאונה הוא מן המיתולוגיה הרומית, משמה של אלת האדמה והפוריות פאונה, מהאל הרומי פאונוס, ומרוחות יער פאונים (המוכרים גם כסאטיר). שלושת השמות מקורבים לפאן (Pan) מן המיתולוגיה היוונית, ו-panis הוא המקביל היווני לפאונה.
ניתן לחלק פאונה לפי גודל:
מיקרופאונה (Microfauna) - מתייחס לבעלי חיים קטנים, בעיקר בגודל מיקרוסקופי.
מאקרו-פאונה (Macrofauna) - מתייחס לבעלי חיים שאורכם 4 עד 80 מילימטרים.