סיום עידן הסחר הימי במחוז סימן את תחילתו של עידן ההגירה. החל ב
מאה ה־16 החלו תושבים מפוג'יין להגר למדינות שכנות כגון סינגפור, הפיליפינים, מלזיה ואינדונזיה. כאשר שושלת צ'ינג הכלילה את האי טאיוואן תחת מחוז פוג'יין החלה הגירה מסיבית גם לאי זה, ומרבית תושבי האי המודרני הם למעשה צאצאי מהגרים פוג'יינים. מסורת זו של הגירה נמשכת עד היום, ורבים מהמהגרים הסינים ברחבי העולם (כולל בישראל) הם פוג'יינים או צאצאיהם. להגירה זו חלק חשוב באופי הנוכחי של המחוז, כיוון שרבים מהמהגרים בתפוצות אכן התייחסו לפוג'יין כאל מולדתם והדבר מתבטא בקשר רציף של המחוז עם הפזורות השונות. הקשר עם טאיוואן תרם רבות למחוז החל בשנות ה-70, והוא הפך לאחד העשירים בסין. העיר שְׂיָאמֶן בפרט מדורגת אחת הראשונות בסין בתמ"ג לנפש (לפני בייג'ינג ושאנגחאי).