פלגות הבט"ש הן פלגות של ספינותחיל הים הישראלי, האחראיות על הביטחון השוטף ועל מבצעים ימיים בגבולותיה הימיים של מדינת ישראל ומחוץ להם. הן יחידות אוטונומיות שלא נמצאות תחת קורת גג אחת אלא כפופות ישירות למפקדי הזירות של חיל הים. על אף הדמיון במאפיניהן, קיים שוני בין פלגה לפלגה כתלות בזירה בה היא פועלת וכנגזרת מכך באיומים המופעלים כנגדה.
על כל אחת מהפלגות מפקד קצין בדרגת סא"ל (סגן אלוף) כל פלגה מחולקת לסיירות שעל כל אחת מהן מפקד קצין בדרגת סרן.