שיקום מפוני גוש קטיף וצפון השומרון

במסגרת התוכנית התחייבה הממשלה למצוא פתרונות מגורים למפונים ולדאוג להם בסיוע כלכלי ובסיוע להתאקלמות. תחום זה היה באחריות מנהלת סל"ע. המנהלת הייתה אחראית הן על הסדרת מגורים זמניים לטווח קצר (מלונות, בתי הארחה) והן לטווח ארוך (מגורי קרווילות או דירות להכשרה למשך שנתיים). המנהלת אף יצאה במסע פרסומי נרחב ויקר במדיות ההתקשורת השונות שכותרתו: יש פתרון לכל מתיישב. בפועל מקום המגורים של רבים מהמפונים לא היה מוכן בזמן (ובמקרים רבים אף לא הוסכם עליו עם אנשי היישוב), ורבים מהם נשארו בבתי המלון במשך חודשים. חלק מהמפונים סירבו מלכתחילה להתפנות לבתי מלון, והעדיפו להשתכן במאהלים זמניים, וכך להבטיח את לכידות היישוב עד למציאת פתרון מגורים קבוע. עד לאוגוסט 2009 השקיעה מינהלת סל"ע 4.9 מיליארדי שקלים בפיצויים למפונים ובתשתיות לקליטתם, שהם, בממוצע, 1.7 מליון שקלים למשפחה. כמו כן עד למועד זה קיבלו כ-87% מהמפונים הן פיצוי כספי הן מגרש להתיישבות מחדש והנותרים נמצאים בשלבי חתימה על הסכם. במנהלת מעריכים כי עד לסיום עבודתה יאמיר הסכום בכ-2 מיליארדי שקלים נוספים.

על מנהלת ההתנתקות והטיפול במפונים נמתחה ביקורת קשה. הביקורת באה גם מצד המפונים שהרגישו שנבגדו וננטשו על ידי המדינה וזכתה לחיזוק כאשר דו"ח מבקר המדינה שפורסם ב-8 במרץ 2006 קבע שהטיפול במפונים היה "מחדל גדול" והצביע על מספר רב של ליקויים ומחדלים בטיפול בהם. בעקבות הליקויים הרבים והסחבת, שנמשכו זמן רב גם לאחר ביצוע התוכנית, הודיע ב-29 במאי 2006 שר השיכון מאיר שטרית כי משרדו ירכז את הטיפול במפונים ואת יישובם מחדש.