הרב שמואל הולדהיים (בתעתיק מיושן: האלדהיים, גרמנית: Samuel Holdheim; 1806 – 22 באוגוסט1860) היה מהוגיה הרדיקליים של היהדות הרפורמית. כיהן כרבה של הקהילה העצמאית-למחצה בברלין בין 1847 ל-1860. אף כי מרבית עמיתיו לתנועה לא קיבלו את השקפתו בימי חייו, הייתה לה השפעה רבה על הרפורמים בארצות הברית.