בשמורה שני מעיינות עונתייים המתייבשים בסוף הקיץ. סביב המעיינות צמחייה אופיינית לבתי גידול לחים, כגון עצי תאנה, אגמון, פטל קדוש ועוד. בתקופת המנדט הוקמו סביב המעיינות קירות שיצרו שתי בריכות. בתוך הבריכות גדלה צמחייה אופיינית לנוף מים, כגון גרגיר הנחליםעדשת מים ועוד. במשך השנים חלה ירידה במגוון המינים המאפיינים בתי גידול לחים ובמקומם כוסתה השמורה בכיסוי צפוף של פטל.
בעבר היה המעיין אחד ממקורות המים של נחל חדרה, אליו זרמו דרך נחל עירון. בתקופת המנדט שפע המעיין 1-0.6 מיליון קוב מים בשנה, בין השנים 1967-1949 נמדדה שפיעת מים של כ-0.5 מיליון קוב בשנה. כיום נשאבים מי המעיינות ואינם זורמים עוד לנחל.