פינוי האזרחים הושלם בתוך שמונה ימים וצה"ל השלים את פינויו מרצועת עזה ב-
11 בספטמבר 2005. למחרת היום נערכו ברצועה ובהתנחלויות החרבות שבה חגיגות פלסטיניות המוניות ורוב בתי הכנסת שננטשו הושחתו ונשרפו. בצפון השומרון הסתיימה התוכנית בפינוי מחנה דותן על ידי צה"ל ב־22 בספטמבר. עם סיום ביצוע התוכנית החל תהליך ארוך של שיקום המפונים, אשר טרם הסתיים (נכון ל-2015).