תוכנית החומש של רכבת ישראל (נקראת גם "
תוכנית הפיתוח") היא תוכנית לפיתוח תשתית הרכבות ב
ישראל שגובשה בתחילת העשור הראשון של המאה ה-21, וכללה מספר רב של פרויקטים. מטרות התוכנית היו קירוב מרכז הארץ ליישובי הפריפריה, הפחתת תאונות הדרכים והפחתת הזיהום הסביבתי. חלק מהפרויקטים בתוכנית כבר בוצעו, חלקם בשלבי ביצוע וחלקם עדיין בשלבי תכנון. בתחילה גמר ביצוע התוכנית נועד לסוף שנת 2008, אולם תוכנית החומש הוסיפה להתרחב וחלק מיעדיה נדחו. ההשקעה בתוכנית נאמדת בכ-30 מיליארד ש"ח. התוכנית כללה הנחת מסילות רכבת, הקמת תחנות רכבת חדשות, החלפת מפגשי כביש-מסילה בהפרדות מפלסיות, הקמת מרכז ארצי חדש לשליטה ובקרה של תנועת הרכבות והוספת ציוד נייד לצי הרכבות של רכבת ישראל. לתוכנית החומש הייתה השפעה אדירה על התנהלות חברת הרכבת והיא גרמה לשינויים רבים במבנה הארגוני שלה ובאופיָה.