מתנגדי התכנון התבוני רואים בו לא יותר מניסיון להציג
בריאתנות במסווה מדעי. לטענתם, חלק נכבד מהטענות של תומכי התכנון התבוני שגויות, כלומר התופעות הללו ניתנות להסבר על פי התאוריות המדעיות הקיימות, והשאר אינן אלא פערים בידע המדעי, ואינן מעידות על דבר מעבר לכך שהמדע טרם הצליח להסביר את אותן תופעות.