Als
Nukleinsäure-Nomenklatur werden in der
Chemie bestimmte Abkürzungen in Bezug auf
Nukleinsäuren wie
DNA und
RNA bezeichnet, die von der
IUPAC festgelegt wurden. Folgende Festlegungen gibt es bei Nukleinsäuren:
Orientierung
Der Grundbaustein der Nukleinsäure sind die
Nukleotide. Das zentrale Element ist hier die
Ribose. Anhand der
Kohlenstoff-Atome dieses Moleküls, im
Uhrzeigersinn gezählt, werden die Positionen in der
Nukleinsäure beschrieben. Die Positionen werden nach der jeweiligen Zahl und dem
′ -Zeichen (sprich
Strich) bezeichnet. Zum Beispiel macht die
Hydroxygruppe an der
2′-Position der Ribose den Unterschied zwischen DNA und RNA aus. Da in der Nukleinsäure die Hydroxygruppe an
3′ einer
Nukleobase mit der
Phosphatgruppe der nächsten verbunden ist, wird die Polarität und somit auch Orientierung eines DNA/RNA-Stranges mit
5′ und
3′ bezeichnet. Zum Beispiel bewegen sich
Polymerasen am Anti
sense-Strang von
3′ nach 5′, auch
3′→5′ ausgeschrieben. Andere
Enzyme (z. B. einige
Nukleasen) bewegen sich dagegen
5′→3′, also vom 5′-Ende in Richtung 3′-Ende. Sense-Stränge werden 5′→3′ aufgeschrieben, entsprechend der Leserichtung der
Ribosomen bei der
Translation. Dadurch ist das
5′-Ende vorn und das
3′-Ende hinten. 3′- und 5′-Ende dienen auch als Begriffe zur Kennzeichnung der Orientierung von
Genen.