Era il terzogenito di Pietro e Anna Maria Bellotto. La famiglia Manin aveva origini ebraiche: fu infatti il nonno Samuele Medina, veronese, a convertirsi con la moglie Allegra Moravia (aprile 1759), assumendo nome e cognome del padrino di battesimo, il noto Ludovico Manin, ultimo doge della Repubblica di Venezia.