Uomo colto, poliglotta, ottimo strumentista e discreto poeta, Buxtehude sviluppò uno stile che abbracciò le varie forme compositive dell'epoca, come la fantasia, il corale e la fuga, e che influenzò molti compositori, fra i quali il giovane Johann Sebastian Bach. Le sue composizioni per organo sono considerate il vertice della scuola organistica tedesca del XVII secolo.