O golfo de Fonseca é alimentado pelos rios hondurenhos Goascorán,
Choluteca e Negro, bem como o rio Estero Real da Nicarágua. As margens do golfo são cobertas com
manguezais, exceto no oeste, onde o vulcão Conchagua, em El Salvador, se eleva acentuadamente a partir da costa. Entre suas ilhas, são notáveis Zacate Grande, El Tigre e Meanguera. Os manguezais ocupam 1,100 km², o que corresponde a aproximadamente 22% da área total de mangue ao longo da área centro-americana banhada pelo
Pacífico. Os recursos naturais do golfo ainda hoje sustentam a pesca artesanal e a coleta de
moluscos e
crustáceos.
Os principais portos são
La Unión, em El Salvador,
Amapala, na ilha de El Tigre, Honduras, e Puerto Morazán, que se situa a
montante do rio Estero Real, na Nicarágua.