Maria Giuseppa nacque a Vienna, come Arciduchessa d'Austria in quanto figlia primogenita di Giuseppe I, Sacro Romano Imperatore, e della Principessa Amalia Guglielmina di Brunswick e Lüneburg. Durante il regno di suo nonno, il padre e lo zio di Maria Giuseppa firmarono il decreto che rendeva la figlia maggiore di Giuseppe I erede dei domini asburgici a condizione che sia lui che suo fratello minore non avessero avuto figli maschi. Tuttavia, durante il regno del loro zio Carlo VI, Maria Giuseppa e sua sorella furono escluse dalla successione asburgica in favore della loro cugina Maria Teresa dalla Prammatica Sanzione del 1713.