La
phylogenèse ou
phylogénie est l'étude des relations de
parenté entre êtres vivants :
- entre individus (niveau généalogique ; seule une généalogie individuelle peut répondre à la question « qui est l'ancêtre de qui ? » , tandis qu'une phylogénie de groupe peut répondre à la question « qui est le plus proche parent de qui ? ») ;
- entre populations (à l'intérieur d'une même espèce qui concrètement n'est qu'une population dont les membres sont interféconds : niveau intraspécifique) ;
- entre espèces (niveau interspécifique).
La phylogenèse permet de reconstituer l'
évolution des
organismes vivants. En phylogenèse, on représente couramment les parentés par un
arbre phylogénétique. Le nombre de nœuds entre les branches, qui représente autant d'ancêtres communs, indique le degré de parenté entre les individus, les groupes ou les
taxons. Plus il y a de nœuds et donc d'ancêtres intermédiaires entre deux êtres vivants, plus leur ancêtre commun est ancien et plus leur parenté actuelle est éloignée.