המשרד הראשי חולק לשבעה משרדים:
- כוח אדם, בפיקוד ברונו שטרקנבאך (שעתיד להיות ראש המשרד)
- ארגון וחוק, בפיקוד ד"ר ורנר בסט (שהיה ראש אגף זהה בגסטפו) ואחריו ד"ר נקמן.
- פנים (SD גרמניה) בפיקוד אוטו אולנדורף (מפקד איינזצגרופה בנוסף).
- הגסטפו, בפיקוד היינריך מילר, כללה גם את משטרת הגבולות. בראש מדור 4 של משרד זה, לענייני יהודים, עמד אדולף אייכמן.
- פלילים, בפיקוד ארתור נבה (גם הוא מפקד איינזצגרופה).
- מודיעין חוץ (SD חוץ), בפיקוד האנץ יוסט ואחריו ולטר שלנברג (בעבר ראש המחלקה לריגול נגדי בגסטפו).
- אידאולוגיה, בפיקוד של פרופ' פרנץ סיקס (גם הוא מפקד איינזצגרופה). טיפלה במשימות "אידאולוגיות", שכללו תעמולה אנטישמית.
- כמו כן, ראש המשרד הראשי לביטחון הרייך היה מפקדם הישיר של האיינזצגרופן.