Sekundärmetabolite (sekundäre Metabolite bzw. sekundäre Stoffwechselprodukte) sind chemische Stoffe, die von Pflanzen, Bakterien und Pilzen produziert werden, für deren Wachstum und Überleben aber nicht notwendig zu sein scheinen (im Gegensatz zu den Primärmetaboliten wie z. B. Aminosäuren oder Zucker). Darüber hinaus wird der Begriff Sekundärmetabolite auch für Sekundäre Pflanzenstoffe verwendet.