Ein
Alignment (englisch für:
Abgleich,
Anordnung,
Ausrichtung), fachsprachlich oft auch Alignierung oder Alinierung genannt, dient dem Vergleich zweier oder mehrerer Strings (technischer Begriff für Zeichenfolge, Sequenz) und wird besonders häufig in der
Bioinformatik und der molekularen Phylogenie verwendet, um die funktionelle oder
evolutionäre Verwandtschaft (
Homologie) von
Nukleotidsequenzen- oder
Aminosäuresequenzen zu untersuchen. Sequenzalignment ist ein Teilgebiet des
Pattern Matching.