El Sistema de clasificación APG II es un sistema para la clasificación de angiospermas según criterios filogenéticos, publicado en 2003 por un vasto grupo de investigadores que se autodenominó en conjunto «APG II» (del inglés Angiosperm Phylogeny Group, Grupo para la Filogenia de las Angiospermas). Es sucesor del Sistema de clasificación APG de 1998, y fue sucedido por el Sistema de clasificación APG III de 2009.