El
farmacóforo fue primero definido por
Paul Ehrlich en 1909 como "una unidad central molecular que transporta (
phoros) los rasgos esenciales responsables para la
actividad biológica" de una droga (
=pharmacon) (Ehrlich.
Dtsch. Chem. Ges. 1909, 42: p.17). En 1977, esta definición fue actualizada por Peter Gund a "un conjunto de rasgos estructurales en una molécula que es reconocida en un sitio
receptor y es responsable para la actividad biológica de esa molécula" (Gund.
Prog. Mol. Subcell. Biol. 1977, 5: pp 117–143). La definición de la
IUPAC de un farmacóforo es "un conjunto de rasgos estéricos y electrónicos que es necesario para asegurar las óptimas interacciones supramoleculares con un blanco biológico específico y para gatillar (o bloquear) su respuesta biológica".