Een
vlaggenschip is binnen een vloot het schip waarop de bevelhebber van die vloot is te vinden. Bij een groep
oorlogsschepen is dit het schip dat gebruikt wordt door de
officier die die groep leidt, vroeger wel
vlaggeman genoemd, omdat hij het recht had een
commandovlag te voeren. De term wordt ook gebruikt in de koopvaardij en duidt dan op het meest toonaangevende schip van een rederij of een konvooi. Door overdrachtelijk gebruik kan
vlaggenschip in het algemeen worden gebruikt om het meest toonaangevende onderdeel of product of van een organisatie aan te duiden.