מוסכם בין רוב החוקרים כי ענף השפות האנטוליות נפרד מיתר השפות ההודו־אירופיות מוקדם מיתר ענפי השפה. אף על פי כן, תאריך פילוג זה הינו נושא לוויכוח. תאריך הפילוג המקובל על רוב החוקרים הוא סביב ל־
4000 לפנה"ס, אולי במסגרת התפשטות הגל השני של הקורגן. חסידי התאוריה ההודו־חתית, מנגד, טוענים כי הפילוג נערך, לכל המוקדם, ב־7000 לפנה"ס. בהקשר זה, שפת־הפרוטו להודו־חתית תקרא פרוטו־הודו־חתית, ושפת־הפרוטו של יתר השפות לפני הפילוג העוקב (כפי הנראה, פילוג השפות הטוכריות) תקרא פרוטו־הודו־אירופית. התאוריה לא נוגדת את הקשר הגנטי בין דוברי השפות האנטוליות לדוברי השפות ההודו־אירופיות.