La
phylogénétique moléculaire est l'utilisation de séquences de
macromolécules biologiques pour obtenir des informations sur l'histoire évolutive des êtres vivants, et notamment sur leurs liens de parenté (leur
phylogénie). C'est un des outils d'étude de l'
évolution moléculaire.
Le produit d'une analyse de phylogénétique moléculaire est un
arbre phylogénétique.