Prefektura apostolska – typ jednostki kościelnego podziału administracyjnego, spotykany w
Kościele rzymskokatolickim. Prawo kanoniczne definiuje go następująco:
Prefektura apostolska jest pierwszym krokiem w organizowaniu na danym terytorium struktury kościelnej. Kieruje nią w imieniu Papieża prefekt apostolski, który zazwyczaj nie jest biskupem (zdarzają się wyjątki od tej reguły). Następnym wyższym typem kościelnej jednostki administarcyjnej jest
wikariat apostolski, gdzie wikariusz apostolski zostaje podniesiony do godności
biskupa tytularnego. Oba typy tworzone są na terenach misyjnych, jako kolejne etapy stabilizacji struktur kościelnych, zanim można będzie tam utworzyć normalne diecezje.