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Árbol filogenético (en este caso, una secuencia de ancestros y descendientes, o
filograma) que muestra un ejemplo de diversificación de una especie ancestral en tres especies presentes en la actualidad. Cada nodo del árbol (como el marcado con un círculo rojo) representa la divergencia de un linaje ancestral en dos linajes que evolucionan independientemente, esto es, que adquieren su propio set de cambios evolutivos. En barras rojas se muestran las
apomorfías: los nuevos estados del
carácter. Un
cladograma se puede interpretar como una secuencia de ancestros y descendientes, lo cual es una hipótesis que se superpone al dendrograma obtenido al determinar las apomorfías de los linajes ancestrales. No todos los investigadores están de acuerdo en interpretar un cladograma de esta forma, porque por ejemplo la historia filogenética del grupo puede no haberse dado en forma de
cladogénesis.]] La
taxonomía (del
griego ταξις,
taxis, ‘ordenamiento’, y νομος,
nomos, ‘norma’ o ‘regla’), en su sentido más general es la ciencia de la
clasificación. Habitualmente, se emplea el término para designar a la
taxonomía biológica, la "teoría y práctica de clasificar organismos". La clasificación que aquí se expone tiene que ser congruente con el
árbol filogenético mientras se disponga de éste, en ella, los organismos se agrupan en taxones mutuamente excluyentes a su vez agrupados en taxones de rango más alto también mutuamente excluyentes, de forma que todos los organismos pertenecen a uno y sólo un taxón de cada rango o "categoría taxonómica". La mayoría de los especialistas ve las especies, a las que ubican en taxones en la categoría taxonómica del mismo nombre, como una realidad objetiva, y a los diferentes conceptos de especie como diferentes aproximaciones para reconocer esos linajes que evolucionan independientemente, por lo que a pesar de las discrepancias acerca de los límites de cada una suele ser la categoría taxonómica más importante en la clasificación.