A primeira experiência de Mackintosh na Antártida foi como imediato na Expedição Nimrod (1907–09). Pouco depois de ter chegado à Antártida, perdeu o seu olho direito num acidente com o navio, sendo enviado para a Nova Zelândia. Regressou em 1909 para participar na fase final da expedição; a sua vontade e determinação perante situações adversas impressionaram Shackleton, que o nomeou para chefiar o Grupo do Mar de Ross em 1914.

As ordens que Mackintosh recebeu foram confusas devido a má comunicação, tendo ficado na dúvida sobre as datas da marcha de Shackleton. As suas dificuldades foram agravadas quando o navio do grupo, o SY Aurora, foi arrancado do ancoradouro durante uma tempestade, ficando incapaz de regressar. Apesar de ter perdido equipamento, provisões e pessoal, Mackintosh, e o seu grupo, conseguiram instalar os depósitos. Mackintosh esteve mesmo à beira do perigo, ficando a dever a sua vida aos seus companheiros. Ele, e outro membros, tentaram uma travessia de 24 km de gelo do mar, mas desapareceram durante uma tempestade, presumindo-se que caíram numa fenda; os corpos nunca foram encontrados.