O aeroporto foi construído em conjunto pelo Governo Federal e Estadual, ficando a administração a cargo do Estado da Bahia, através da AGERBA - Agência Estadual de Regulação de Serviços Públicos de Energia, Transportes e Comunicações da Bahia, que por sua vez contrata uma empresa privada para a execução dos serviços. Atualmente a administração do aeroporto está sob os cuidados da SINART - Sociedade Nacional de Apoio Rodoviário e Turístico Ltda.

O nome oficial é Aeroporto de Porto Seguro e não Aeroporto Internacional de Porto Seguro. É um dos aeroportos do Brasil que mais recebe voos charters, principalmente de destinos sul-americanos de companhias como LAN, Andes e Aerolíneas Argentinas, nele operam quase todas as companhias aéreas brasileiras.