A AEB sofreu um grande revés em 2003, quando a
explosão de um foguete matou 21 técnicos. O Brasil lançou com sucesso o seu primeiro foguete ao espaço em 23 de outubro de 2004, a partir do Centro de Lançamento de Alcântara; foi um
VSB-30 lançado em uma missão suborbital. Este lançamento foi seguido por vários outros bem sucedidos.
Em 30 de março de 2006, o astronauta
Marcos Pontes tornou-se o primeiro
brasileiro e
lusófono a ir ao espaço, onde ficou na EEI por uma semana. Durante a sua viagem, Pontes realizou oito experimentos selecionados pela AEB. Ele pousou no
Cazaquistão em 8 de abril de 2006, com a tripulação da
Expedição 12.