Após ser lançado, o jogo fez sucesso rapidamente; o site agar.io (para a versão de navegador) foi classificado pela Alexa em julho de 2015 como um dos mil sites mais visitados e as versões móveis foram baixadas mais de dez milhões de vezes durante sua primeira semana. A recepção do jogo foi positiva, recebendo elogios especiais por sua simplicidade, competitividade e mecânica; enquanto alguns não gostaram de sua repetitividade. Uma versão no Steam foi anunciada em 3 de maio de 2015, e a versão móvel para iOS e Android foi lançado em 8 de julho de 2015 pela Miniclip.

Agar.io foi especialmente popular na Turquia, durante as campanhas para a eleição geral no país em junho de 2015. Jogadores turcos transmitiram as suas opiniões políticas, colaborando com outros jogadores com opiniões semelhantes. Alguns partidos políticos também usaram o jogo em cartazes eleitorais como um símbolo de apoio.