Com a vitória da oposição nas eleições em cinco estados do país, mais notadamente as de Israel Pinheiro, em Minas Gerais, e Negrão de Lima, na Guanabara, os militares avançaram com a repressão: foram reabertos os processos de cassação, partidos políticos foram extintos (com suas sedes invadidas e desativadas) e o Poder Judiciário sofreu intervenção do Executivo. Até que, em 27 de Outubro de 1965, o marechal Humberto de Alencar Castelo Branco mandou publicar no Diário Oficial e ordenou o cumprimento do AI-2, que emendou vários dispositivos da Constituição de 1946 e, sobretudo, tornou indireta a eleição para presidente da República. A partir de então, o Poder Judiciário também sofreu intervenção direta do Poder Executivo. Desta forma, os julgamentos das ações dos revolucionários deixaram de ser competência da justiça civil e o Estado entrou em um regime de exceção ainda mais repressor das posições contrárias ao regime.

O AI-2 teve vigência até 15 de Março de 1967, quando Costa e Silva tomou posse e a nova Constituição de 1967, proposta pelo Executivo e ratificada pelo Congresso, entrou em vigor. O segundo Ato Institucional foi estabelecido em meio à necessidade de Castelo Branco de manter o apoio dos militares linha-dura, embora o seu regulamento alienasse ainda mais os políticos moderados e conservadores, principalmente aqueles filiados à [https://pt.wikipedia.org/wiki/Uni%C3%A3o_Democr%C3%A1tica_Nacional União Democrática Nacional (UDN)], dos quais o presidente dependia para sua base política civil. Carlos Lacerda, por exemplo, um dos principais líderes da UDN, reagiu ao AI-2 renunciando à sua candidatura presidencial, o que enfraqueceu o partido. Essa atitude colocou em evidência a escassez de perspectivas de qualquer político que desafiasse o governo por meio do processo político civil.