Por volta de 1553, quando o marido retorna a Portugal, acompanhado dos filhos do casal, Duarte Coelho de Albuquerque e Jorge de Albuquerque Coelho, Dona Brites assume interinamente o governo da capitania, assistida por seu irmão, Jerônimo de Albuquerque, que se havia estabelecido na região e casado com a índia tabajara Tindarena ou Tabira, depois batizada Maria do Espírito Santo Arcoverde. Jerônimo ficaria conhecido como o “Adão pernambucano”, por ter deixado vastíssima descendência por todo o Brasil e especificamente na região Nordeste.

Com a morte de seu marido, Duarte Coelho (1554) em Portugal, ela própria ocupará o cargo, com a ajuda de seu irmão, Jerônimo de Albuquerque. sendo que a designariam por «capitoa». Dona Brites assumiu, assim, todas as honras e obrigações adjacentes ao título, o qual manteria até a maioridade do seu filho mais velho, Duarte Coelho de Albuquerque, que estudava em Portugal, juntamente com seu irmão Jorge de Albuquerque Coelho. Quando ambos chegam ao Brasil, em 1560, Duarte assume o governo de Pernambuco, mas tão somente até 1572, data em que terá sido chamado de regresso a Portugal. Duarte e Jorge são incorporados à armada do rei D. Sebastião, que avançava sobre a África. Ambos são gravemente feridos após a batalha de Alcácer-Quibir, em 4 de agosto de 1578, e nunca mais retornariam ao Brasil. Assim, uma vez mais, Dona Brites ficará no comando das terras pernambucanas, exercendo essa função até o fim de sua vida.